این آنزیم نوکلئوتید مکمل نوکلئوتیدهای رشته پایه را پیدا میکند و رو به روی آن قرار میدهد. مثلاً A را مقابل T ( و برعکس ) و C را روبه روی G میگذارد. اما DNA پلیمراز برای شروع کار خود به یک زنجیر اولیه نیاز دارد. برای حل این مشکل، آنزیمی به نام پریماز به کار گرفته میشود.
پریماز یک مولکول کوچک RNA را همراه میآورد تا به عنوان زنجیر اولیه DNA پلیمراز استفاده شود. وقتی که مقداری از کار DNA پلیمراز گذشت، آنزیم H RNase ، زنجیر RNA را جدا میکند و DNA پلیمراز I جای آن را پر میکند. پس از آن لیگاز رشتهها را به نوکلئوتیدهای تازه متصل میکند و مارپیچ های جدید شکل میگیرند. در طول این فرآیند، پروتئینهای خاصی در کنار مولکول DNA قرار میگیرند تا مولکول DNA ثابت بماند و DNA پلیمراز بتواند کار خود را به خوبی انجام دهد.
نکته مهم اینجاست که DNA پلیمراز فقط میتواند در جهت َ 5 به َ 3 کار کند؛ چون وقتی یک نوکلئوتید جدید در حال اتصال است، َ 3 پایدارتر از َ 5 است. اگر DNA پلیمراز در جهت عکس حرکت میکرد، این خطر وجود داشت که گروه فسفات از مولکول جدا شود.
درست است که DNA پلیمراز هنگام کار فقط از َ 5 به َ 3 حرکت میکند، اما باید توجه کنید که دو رشته وجود دارد که یکی از آنها در این جهت است ولی دیگری در جهت َ 3 به َ 5 قرار گرفته است. پس یعنی وقتی DNA پلیمراز به طور پیوسته در جهت َ 5 به َ 3 کار میکند مجبور است در فواصل زمانی کوتاهی در جهت َ 3 به َ 5 هم کار کند. ما قطعات کوچکی را که در اثر این حرکت اجباری ایجاد میشوند، "قطعات اکازاکی Okazaki Fragment" مینامیم. رشته ای که در جهت َ 5 به َ 3 پیش میرود، رشته پیشرو (Leading Strand) و رشته دیگر، رشته کند (Lagging Strand) نامیده میشود.
|